而后，为了肃灭科隆文明，洗去人类文明发展历史上的污点，与克隆人长达近10万年的战争开始了，这同时，也是人类发源地所在的星域毒瘤般溃烂的开始。
无尽的战火毁灭了无数的星球，大量的文明科技在那一时期诞生，同时大量的科技结晶与文明记录，也在那一时期被战火所掩埋，多层次的文明断层，被人为的制造了出来，可以说，那一段历史是人类文明上最为可怕的黑暗记录，最终，也导致了《星际联邦》的快速灭亡。
这一时期，史称：冲突年代。
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